Retrait des variations indésirables des données de séquençage d'ARN à grande échelle avec PRPS

1. Comment normalisez-vous les données d'expression génique?
2. Quel ARN doit être retiré d'un échantillon avant d'effectuer l'ARN SEQ?
3. Comment normalisez-vous RPKM?

Comment normalisez-vous les données d'expression génique?

La normalisation est obtenue en divisant les valeurs d'expression par l'intensité totale (i.e., la somme de toutes les valeurs d'expression) du tableau donné. Centralisation¹¹ suppose que la réglementation se comporte bien, je.e., La plupart des gènes ne sont pas régulés de manière significative ou à peu près égal de gènes sont régulés à la hausse.

Quel ARN doit être retiré d'un échantillon avant d'effectuer l'ARN SEQ?

L'ARN ribosomique (ARNr) est la composante la plus abondante de l'ARN total isolé des cellules et des tissus animaux ou humains, comprenant la majorité (>80% à 90%) des molécules dans un échantillon d'ARN total⁷. Pour permettre une détection efficace des transcrits / gènes, les ARNr très abondants doivent être retirés de l'ARN total avant le séquençage.

Comment normalisez-vous RPKM?

Voici comment vous le faites pour RPKM: comptez les lectures totales dans un échantillon et divisez ce nombre de 1 000 000 - c'est notre facteur de mise à l'échelle «par million». Divisez le nombre de lectures par le facteur de mise à l'échelle «par million». Cela se normalise pour la profondeur de séquençage, vous donnant des lectures par million (rpm)